提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。
全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
2023年研究生考试今日开考 各地优化服务为研考护航******
2023年全国硕士研究生招生考试今天(24日)开考,各地各校纷纷行动起来,以各种暖心服务助力考生。
江苏:“苏青驿站”服务研考考生
正在办理入住的是安徽籍考生陈倩倩,今年研考她选择在南京借考。在网上关注到江苏推出了“苏青驿站”,为异地借考考生提供住宿便利等相关服务后,陈倩倩第一时间提交了申请。
南京江北新区团工委工作人员米阳:我们在后台会有专人来审核,只要青年符合我们所需要的条件,即可在一天之内回复审批入住。
今年,根据教育部的部署,考前返回报考点确有困难的考生可以申请借考。江苏团省委发动全省13个地市考生考点附近的33家“苏青驿站”和12355青少年服务台,为异地借考考生提供住宿便利、考前减压等相关服务。考生通过江苏团省委官方微信公众号,填写个人真实信息,上传相应材料即可。
方便考生 各地优化考生出行食宿等服务
为方便考生,各地在考生出行、食宿、卫生、环境等方面进一步优化服务,一些地方和考点表示将为考生提供午餐等。
中国计量大学后勤服务中心餐饮管理部主任孟应雷:我们严把原材料的验收关,全程监督食材制作过程,确保食材既安全卫生,又营养美味。我们在各个考场设立了爱心姜汤,确保第一时间将热腾腾的免费爱心餐送到每一名考研学子的手上。
(总台央视记者 潘虹旭 李墨白 江苏台 李志阳 徐泽城 浙江台)